Unter Histamin-Intoleranz  versteht man die Unverträglichkeit von mit der Nahrung aufgenommenem Histamin, deren Ursache ein Mangel der Histamin abbauenden Enzyme Diaminoxidase (DAO) oder Histamin-N-Methyltransferase (HNMT) bzw. ein Missverhältnis zwischen Zufuhr und Abbau des Histamins darstellt.
Diese Theorie wurde in den 1980er Jahren im Rahmen der Erforschung der biogenen Amine entwickelt. Nach Ansicht einiger Autoren ist die Histamin-Intoleranz nicht angeboren, sondern ein erworbenes Krankheitsbild, von dem knapp 1 % der europäischen Bevölkerung betroffen sei. 80 % der erkrankten Patienten sind weiblichen Geschlechts mittleren Alters. Die Krankheitssymptome können in der Schwangerschaft verschwinden, treten jedoch nach der Schwangerschaft wieder auf.